La sede del Molino Magri è a Marmirolo, nel comune di Mantova, e sorge su un'ampia area dove sono situati:

• I silos per lo stoccaggio dei prodotti finiti;
• La palazzina sede degli uffici commerciali ed amministrativi, dei laboratori di controllo e di ricerca completamente rinnovati dall’inizio del 2018;
• MagriLab: centro tecnico di formazione per professionisti, laboratorio test per la ricerca e sviluppo di nuovi prodotti, sala conferenze per eventi e meeting aziendali;
• I garage e il porticato per la rimessa degli automezzi (camion, rimorchi e furgoni) per il trasporto dei prodotti finiti.

La tenuta comprende anche parte del terreno non edificato intorno all'edificio ed un'ampia zona ricevimento merci.
Molino Magri ha a disposizione anche tre attrezzati magazzini di appoggio dove stoccare le merci per la distribuzione capillare sul territorio italiano. I magazzini hanno sede ad Albano Laziale in provincia di Roma, a Follonica in provincia di Grosseto ed a Pomigliano d’Arco in provincia di Napoli.